В течение периода борьбы за независимость Ракоци (1703-1711) Мишкольцу принадлежала центральная роль. Князь Ракоци Ференц II. дважды, в 1704-ом и в 1706-ом годах организовывал здесь главный военный постой повстанцев, тем самым город стал не только центром военных действий, но и местом принятия важных политических решений. Правительственный совет борьбы за независимость куруцов постоянно заседал в первом месяце года, затем отсюда отправлялись на взятие Эгера. Гонцов французского короля Лайоша XIV. ,  послов Немецкой Низменности и Польши, французских военных инженеров, специалистов артиллерии также принимал в то время князь на главном военном постое повстанцев, в барских домах Асалаи и Дёри.

В период борьбы за независимость Мишкольц поразили, кроме тяжести контрибуции, еще две катастрофы. В 1706-ом году его ограбили и сожгли имперские войска, а в1710-1711-ых годах почти половина населения (шесть тысяч человек) стали жертвами эпидемии чумы.