A Rákóczi-szabadságharc (1703-1711) alatt központi szerep jutott Miskolcnak. II. Rákóczi Ferenc fejedelem kétszer, 1704-ben és 1706-ban itt rendezte be főhadiszállását, ezzel a város nemcsak hadműveleti központ, hanem fontos politikai döntések színhelye is lett.

A kuruc szabadságharc kormánytanácsa folyamatosan ülésezett az év első hónapjaiban, majd innen indultak Eger elfoglalására. XIV. Lajos francia király futárját, Németalföld és Lengyelország követeit, francia hadmérnököket, tüzérségi szakembereket fogadtak ekkor a fejedelem főhadiszállásán, az Aszalay- és a Dőry-kúriákban.

A szabadságharc idején Miskolcot a hadi tehertételeken túl még két katasztrófa is sújtotta. 1706-ban a császáriak kifosztották és felégették, 1710-1711-ben pedig a lakosság közel fele (hatezer ember) esett a pestisjárvány áldozatául.