A törököktől elszenvedett mohácsi csatavesztés (1526) után Miskolc kettős uralom alá került. Szerepe felértékelődött, hiszen országos jelentőségű események színhelye lett a város. A Ferdinánd király (1526-1564) pártján álló 13 vármegye küldöttei 1526-ban, majd 1541-ben (részleges) országgyűlést tartottak az Avas hegyen épült templomban.

A viaskodás komoly áldozatokkal is járt. Elpusztult a tapolcai bencés apátság, amelyben a Miskolcot alapító nemzetség tagjainak hamvai nyugodtak, s velük együtt pusztultak műkincsek, várostörténetünk legkorábbi dokumentumai: oklevelek, adománylevelek, a Miskóc nemzetség addig gondozott iratai is. Miskolc ezért egyike azoknak a magyarországi városoknak, amelyek nem ünneplik, nem ünnepelhetik alapításuk évfordulóját.

A XVI. században a török hódítás katonai megszállást még nem jelentett, de Mohamed pasa 1544-ben mérhetetlen károkat okozva feldúlta és felégette a várost. A tanács tagjait, sok tehetős polgárt elhurcoltak, a méneseket, a gulyákat elhajtották. Leégett az Avasi Templom, a kápolnák, a középületek és számos lakóház.

Miskolc kiheverte a csapást, s lakossága ezzel egy időben a reformáció híve lett. 1569-ben az avasi templomot már az új vallásnak megfelelően állították helyre. A XVI. század végétől Miskolc 90 éven át az Eger központú török fennhatóság alá tartozott. A város az Ónod-Diósgyőr-Szendrő települések vonalában húzódó magyar végvárak árnyékában, a török hódoltság peremvidékén feküdt. A portyázók sűrűn összecsaptak a végeken, és a városi tanács hol a császári, hol a török katonai csapatokat engesztelte ki pénzadományaival, etette, itatta őket, hogy mentesüljön a beszállásolástól. Két-három emberöltőn át meg kellett tanulni az együttélést a törökkel, főleg "kifinomult" adóztatási rendszerükkel. Ennek eredményességét példázza, hogy a szultántól oltalomlevelet is kapott a város.

A hódoltság alatt Miskolc lakossága 5000 főre emelkedett. Általánossá vált, hogy a környék lakói - a portyázók rablásai elől védelmet keresve - a városba költöztek. Borból nem kellett tizedet fizetni a töröknek, mert a mohamedán vallás tiltja a borivást. Ezért is virágozhatott a borkultúra. Miskolc határának 17 szőlődombján szüreteltek, és az Avas, Bábonyibérc, Kőporos dombok oldalában félezer pincében tárolták a környék borát.

A várost hetipiacai, valamint az országos vásárok gazdasági és kereskedelmi központtá tették. A XVII. század végén már négy országos vásár megtartására kapott jogot.